Trainer: Ralph Hasenhüttl (bis 21.02.2010), Matthias Lust (von 22.02.2010 bis 21.03.2010), Klaus Augenthaler (ab 22.03.2010)
Abschlusstabelle – 3. Liga:
| Pl. | Verein | Sp. | g. | u. | v. | Tore | Diff. | Pkte. |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1. | VfL Osnabrück | 38 | 20 | 9 | 9 | 55:37 | +18 | 69 |
| 2. | FC Erzgebirge Aue | 38 | 20 | 8 | 10 | 57:41 | +16 | 68 |
| 3. | FC Ingolstadt | 38 | 18 | 10 | 10 | 72:46 | +26 | 64 |
| 4. | Eintracht Braunschweig | 38 | 17 | 11 | 10 | 55:37 | +18 | 62 |
| 5. | FC Carl Zeiss Jena | 38 | 16 | 12 | 10 | 54:44 | +10 | 60 |
| 6. | 1. FC Heidenheim | 38 | 17 | 8 | 13 | 66:56 | +10 | 59 |
| 7. | Kickers Offenbach | 38 | 15 | 12 | 11 | 55:35 | +20 | 57 |
| 8. | FC Bayern München II | 38 | 15 | 9 | 14 | 55:65 | -10 | 54 |
| 9. | FC Rot-Weiß Erfurt | 38 | 14 | 11 | 14 | 41:41 | 0 | 53 |
| 10. | VfB Stuttgart II | 38 | 16 | 4 | 18 | 53:50 | +3 | 52 |
| 11. | SpVgg Unterhaching | 38 | 13 | 11 | 14 | 52:52 | 0 | 50 |
| 12. | SG Dynamo Dresden | 38 | 14 | 8 | 16 | 39:46 | -7 | 50 |
| 13. | SV Werder Bremen II | 38 | 13 | 8 | 17 | 49:54 | -5 | 47 |
| 14. | SV Sandhausen | 38 | 11 | 14 | 13 | 54:63 | -9 | 47 |
| 15. | SV Wehen Wiesbaden | 38 | 13 | 8 | 17 | 52:64 | -12 | 47 |
| 16. | SSV Jahn Regensburg | 38 | 11 | 13 | 14 | 43:48 | -5 | 46 |
| 17. | SV Wacker Burghausen | 38 | 13 | 7 | 18 | 45:64 | -15 | 46 |
| 18. | Borussia Dortmund II | 38 | 11 | 6 | 21 | 43:58 | -15 | 39 |
| 19. | Holstein Kiel | 38 | 9 | 11 | 18 | 43:61 | -18 | 38 |
| 20. | Wuppertaler SV | 38 | 10 | 8 | 20 | 40:61 | -21 | 38 |
Noch keine Spiele absolviert.
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